Gli indicatori della ricerca e dell'innovazione in Puglia mostrano una situazione di ritardo rispetto allo stesso contesto meridionale. Questo è quanto emerge dal primo rapporto sul sistema innovativo pugliese predisposto dal CERPI.
I dati sulla spesa per la ricerca e per l'innovazione, così come le capacità innovative delle imprese, mostrano un sottodimensionamento del sistema scientifico e tecnologico regionale che nel lungo periodo può incidere negativamente sulla competitività della Puglia. D'altra parte, è proprio il sistema di imprese che evidenzia gli indicatori più negativi, soprattutto in termini di spesa per la ricerca e sviluppo (appena lo 0,11% del PIL).
Naturalmente non mancano le punte di eccellenza, in alcune discipline scientifiche come le nanotecnologie e in alcuni settori industriali come quello della meccatronica. Tuttavia, mediamente, il sistema innovativo pugliese è agli ultimi posti delle classifiche dell'innovazione, come emerge, per esempio, dal regional innovation scoreboard della Commissione Europea, nel quale la Puglia è al 185° posto su 203 regioni europee, penultima tra la regioni italiane, seguita solo della Calabria al 188° posto.